El proyecto BiObserva se centra en el seguimiento de un grupo reducido de especies de aves: las llamadas "especies objetivo". Se trata de 22 especies que tienen un buen potencial como indicadores de calidad ambiental y que, además, son fáciles de identificar.
La lista de especies objetivo varía ligeramente según se trate de la Península Ibérica, Islas Baleares o Islas Canarias (las fichas que aparecen en este apartado indican en cuales de estas áreas se encuentra cada especie).